中心现有水利工程、农业水土工程、水文学及水资源、水动力学与水力机械4个博士学位授权点，水利工程、农业水土工程、水文学及水资源、动力工程与工程热物理、流体机械及工程5个学术型硕士学位授权点，以及动力工程、水利工程和农业工程3个专业学位硕士点。其中农业水土工程为农业工程国家一级重点学科的重要组成部分，水利工程一级学科在2012年全国一级学科评估中位列第7，水文学及水资源2008年被批准为北京市重点学科。
　　中心现有博士生导师21人：康绍忠、左强、冯绍元、王福军、黄冠华、杨培岭、雷廷武、任理、李光永、唐泽军、周凌九、李法虎、郭萍、唐学林、刘竹青、严海军、杜太生、王凤新、李云开、毛晓敏、肖若富。
　　硕士生导师23人：任树梅、张昕、黄兴法、徐飞鹏、叶水根、洪益平、周春发、毛萌、王素芬、李小芹、佟玲、霍再林、姜娜、黎耀军、贺向丽、石建初、陈明洪、郝新梅、黄权中、李思恩、杨魏、袁林娟、邱流潮。
　　2003-2013年，中心已毕业博士研究生110人，硕士研究生455人。每年招收博士生20名左右，硕士生80名左右，现有在读博硕士生200余名。
　　中心一向注重研究生培养质量及相关领域的国际交流。为增强学术氛围，促进学科的交叉融合，拓宽博士生学术视野，激发其创新思维，中心自2011年起创办“水科学与水工程博士生学术论坛”品牌学术活动，本活动为博士生提供了一个良好的学术交流平台，提高了博士生培养质量。康绍忠教授指导2009届毕业生张宝忠博士完成的《干旱荒漠绿洲葡萄园水热传输机制与蒸发蒸腾估算方法研究》博士学位论文被评为2011年度全国优秀博士论文；黄冠华教授指导2009届毕业生文章博士完成的《抽水井附近非达西流的理论研究与数值模拟》获2011年度全国优秀博士学位论文提名奖。每年有多名研究生参加国际学术交流活动，年均有6名左右的研究生通过国家建设高水平大学公派研究生项目赴海外联合培养。